Việc thu thập mẫu được thực hiện bởi các công ty tiện ích tham gia. Chương trình này phụ thuộc vào các đối tác tiện ích của chúng tôi để thu thập, xử lý và lưu trữ mẫu đúng cách cho đến khi mẫu được lấy để vận chuyển đến phòng thí nghiệm, DCLS.
Có hai loại mẫu chính được thu thập: mẫu ngẫu nhiên và mẫu tổng hợp.
- Mẫu ngẫu nhiên là mẫu duy nhất được thu thập tại một thời điểm. Loại mẫu này đại diện cho dòng nước thải chảy vào nhà máy xử lý tại thời điểm mẫu được thu thập.
- Mẫu tổng hợp là các mẫu riêng lẻ được thu thập trong khoảng thời gian 24giờ và sau đó được kết hợp lại để tạo thành một mẫu duy nhất. Các mẫu có thể được thu thập dựa trên thời gian đã đặt (ví dụ: cứ sau 10 phút) hoặc tùy thuộc vào lượng dòng chảy đi vào nhà máy xử lý nước thải. Loại mẫu này đại diện cho toàn bộ lượng nước thải chảy vào nhà máy xử lý nước thải trong ngày.
Tiện ích cung cấp thông tin bổ sung (siêu dữ liệu) đi kèm với mẫu như thời gian thu thập mẫu, lưu lượng trong ngày thu thập và điểm lấy mẫu. Tất cả các mẫu đều được thu thập tại lối vào nhà máy xử lý trước khi tiến hành bất kỳ quá trình xử lý quan trọng nào.
Các mẫu được chuyển đến DCLS để cô đặc, chiết xuất và phân tích phản ứng chuỗi polymerase kỹ thuật số giọt (ddPCR). Trước tuần của tháng 11 15, 2021, các mẫu đã trích xuất đã được chuyển đến phòng thí nghiệm được NELAP công nhận tại Khu vệ sinh Hampton Roads (HRSD) để phân tích SARS-COV2 thông qua ddPCR. Mục tiêu gen được trình bày trong báo cáo này là ddCoV_N, một phiên bản đã sửa đổi của gen N2 để phân tích nước thải ddPCR[1]. Kết quả định lượng mà sự khuếch đại được quan sát thấy ở mẫu đối chứng không có khuôn mẫu (NTC) sẽ bị loại khỏi phân tích. Giới hạn phát hiện đối với phiên bản hiện tại của giao thức phòng thí nghiệm (v2.0) là 6,200 bản sao/L nước thải. Mọi nồng độ dưới giới hạn phát hiện đều được gán một giá trị bằng một nửa giới hạn phát hiện.
| Phiên bản giao thức phòng thí nghiệm | Giới hạn phát hiện (LOD) | Trách nhiệm của phòng thí nghiệm |
| v2.0 | 6,200 | Phân tích nồng độ, chiết xuất và ddPCR: DCLS |
| v1.0 | 1,350 | Cô đặc và chiết xuất: DCLS
Phân tích phản ứng chuỗi polymerase kỹ thuật số dạng giọt (ddPCR): HRSD |
Tải lượng vi-rút được tính toán dựa trên Phương trình 1:
(1) Tải lượng vi-rút (bản sao/ngày) = Nồng độ vi-rút. (bản sao/L)∗Tốc độ dòng chảy (MGD)∗(3785411.8 L/d)/(1 MGD)
Các phần trăm được tính toán trên cơ sở từng trang web theo tải lượng vi-rút, sau đó được phân loại thành các phần năm (tức là 0-19.9th, 20-39.9thứ, 40-59.9thứ, 60-79.9thứ, 80-100thứ). Các phần trăm cụ thể của từng trang web cung cấp số liệu để so sánh dữ liệu của tuần hiện tại với dữ liệu lịch sử của trang web, cho phép trực quan hóa màu sắc về thời điểm mỗi trang web trải qua tải cao nhất so với tải thấp nhất.
Tài liệu tham khảo
[1] Gonzalez, R., Larson, A., Thompson, H., Carter, E., & Cassi, XF (2021). Thiết kế lại xét nghiệm RT-qPCR lâm sàng SARSCOV2 cho RT-ddPCR trong nước thải. https://doi.org/10.1101/2021.03.02.21252754