Chương trình Marina bảo vệ sức khỏe cộng đồng và môi trường bằng cách giáo dục người đi thuyền về cách xử lý nước thải đúng cách và quản lý hoạt động chèo thuyền trên bờ. Khi hoạt động chèo thuyền giải trí và các hoạt động dưới nước khác ngày càng phổ biến, việc xử lý nước thải đúng cách là rất quan trọng. Chương trình Bến du thuyền giám sát các quy định yêu cầu bến du thuyền và những nơi khác neo đậu thuyền phải có cơ sở vệ sinh đầy đủ để bảo vệ sức khỏe cộng đồng và cải thiện chất lượng nước.
Chương trình Bến du thuyền cấp Giấy chứng nhận hoạt động (CTO) và tiến hành kiểm tra hàng năm tất cả các Bến du thuyền, Những nơi neo đậu thuyền khác và bến thuyền. Đội ngũ Chương trình Marina hợp tác với các cơ quan tiểu bang và liên bang khác cũng như các công ty tư nhân để xử lý đơn đăng ký và xem xét các kế hoạch nhằm tuân thủ quy định. Chương trình Bến du thuyền cũng quản lý Đạo luật Tàu sạch và Khoản tài trợ Cơ sở hạ tầng Chèo thuyền, cả hai đều hỗ trợ các bến du thuyền bù đắp chi phí lắp đặt hệ thống thu gom nước thải vệ sinh và cơ sở hạ tầng chèo thuyền.